Genomische und transkriptomische Klassifikation des Bindehautmelanoms

TUMOR Lausanne- Das Bindehautmelanom (CJM) ist ein seltener, aber potenziell tödlicher und häufig wiederkehrender Augenkrebs. Ähnlich wie das Hautmelanom (CM) stammt es aus Melanozyten. Im Gegensatz zum CM ist das Genom des CJM jedoch relativ schlecht charakterisiert. Katarina Cisarova aus dem Department of Computational Biology der Universität Lausanne in der Schweiz und Mitautoren aus der Schweiz und Deutschland wollten diese Wissenslücke schliessen. Um einen Einblick in die genomische Natur des CJM zu erhalten, führten sie bei 14 betroffenen Personen eine Sequenzierung des gesamten Exoms (WES) oder des gesamten Genoms (WGS) von Tumor- und Normal-Gewebepaaren sowie eine RNA-Sequenzierung in einer Untergruppe von 11 Tumorgeweben durch. Die Ergebnisse zeigten, dass CJM ähnlich wie CM auch durch eine sehr hohe Mutationslast gekennzeichnet ist, die sich aus ungefähr 500 somatischen Mutationen in exonischen Regionen zusammensetzt. Dies sowie das Vorhandensein einer durch UV-Licht induzierten Mutationssignatur sind klare Anzeichen für die Rolle des Sonnenlichts bei der CJM-Tumorentstehung. Darüber hinaus scheint die vom TCGA (The Cancer Genome Atlas) vorgeschlagene genomische Klassifizierung von CM auch für CJM gut anwendbar zu sein, da vier typische Unterklassen vorhanden sind, die auf der Grundlage der am häufigsten mutierten Gene definiert werden: BRAF, NF1, RAS und Triple Wildtyp. In Übereinstimmung mit diesen Ergebnissen zeigten transkriptomische Analysen ebenfalls Ähnlichkeiten mit CM, nämlich das Vorhandensein eines transkriptomischen Subtyps, der mit Immungenen angereichert ist, sowie eines Subtyps, der mit Genen angereichert ist, die mit Keratinen und Epithelfunktionen assoziiert sind. Zudem konnten in sieben Tumoren somatische Mutationen in ACss3, einem möglichen neuen Onkogen-Kandidaten, nachgewiesen werden. Transfizierte konjunktivale Melanomzellen, die die Mutante ACss3 überexprimieren, zeigten eine höhere proliferative Aktivität, was die direkte Beteiligung dieses Gens an der Tumorentstehung von CJM unterstützt. Die Autoren stellen in der elektronisch im Dezember 2020 bei PLOS GENETICS erschienenen Arbeit dar, dass ihre Ergebnisse die erste bias-freie und vollständige genomische und transkriptomische Klassifikation von CJM bieten.(bs)

Autoren: Cisarova K, Folcher M, El Zaoui I, Pescini-Gobert R, Peter VG, Royer-Bertrand B, Zografos L, Schalenbourg A, Nicolas M, Rimoldi D, Leyvraz S, Riggi N, Moulin AP, Rivolta C. Korrespondenz: Carlo Rivolta, Institute of Molecular and Clinical Ophthalmology Basel (IOB), Basel, Switzerland. E-Mail: carlo.rivolta@iob.ch Studie: Genomic and transcriptomic landscape of conjunctival melanoma. Quelle: PLoS Genet. 2020 Dec 31;16(12):e1009201. doi: 10.1371/journal.pgen.1009201. PMID: 33383577; PMCID: PMC7775126. Web: https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1009201