Enquête génétique sur 1000 familles à maladies rétiniennes héréditaires

MEDICAL RETINA Iowa City – mechentel news – Edwin M. Stone et al ont conclu dans une étude parue sur le site internet du magazine scientifique Ophthalmology en mai 2017 que les tests génétiques pour les maladies rétiniennes héréditaires étaient fiables à 75%. Ils ont cherché à concevoir une stratégie de dépistage génétique multiplateforme pour les maladies rétiniennes héréditaires et à décrire sa performance sur 1000 familles consécutives vues par un seul praticien. Ils ont mené une étude rétrospective. Les données cliniques de tous les patients observés par un seul spécialiste rétinien entre janvier 2010 et juin 2016 ont été examinées, tous les patients répondants aux critères cliniques du diagnostic de maladie rétinienne héréditaire ont été inclus. Chaque patient a été affecté à une des 62 catégories de diagnostic, lequel a été utilisé pour déterminer le périmètre et l’ordre des investigations cliniques effectuées. Le nombre de nucléotides évalués pour un sujet variait de 2 à près de 900000. Les auteurs ont analysé la sensibilité et le taux de génotype faux. Les génotypes causant des maladies ont été identifiés dans 760 familles (76%), ils étaient répartis sur 104 gènes différents. Plus de 75% de ces gènes avaient des séquences codantes assez petites pour être associées dans un virus adéno-associé. Dans cette cohorte, les mutations dans l’ABCA4 se sont révélé la cause la plus fréquente (173 familles), alors que les mutations dans 80 gènes ont causé une maladie chez 5 familles ou moins (0,5% ou moins). Des génotypes causant des maladies ont été identifiés pour 576 familles sans séquençage haut débit (NGS ou HTS), incluant 23 familles avec mutations répétitives du RPGR exon 15 qui auraient été manqué par NGS. Le séquençage intégral des 404 familles restantes a révélé des mutations pour 182 familles supplémentaires et le séquençage du génome complet de 4 des 242 familles restantes a révélé 2 génotypes supplémentaires non-détectés avec les autres méthodes. La réalisation des tests de manière cliniquement concentrée serait plus sensible de 6,1%, moins couteuse de 17,7% et permettrait d’obtenir un taux de génotype faux inférieur à celui d’un séquençage entier évaluant plus de 300 gènes chez tous les patients (7.1% vs. 128%; P < 0.001). L’équipe menée par Edwin M. Stone a conclu que les tests génétiques pour maladie rétinienne héréditaire étaient maintenant plus sensibles à 75%. Ils pensent qu’une stratégie de tests dirigés cliniquement pourrait augmenter la sensibilité et améliorer la signification statistique sans augmenter le coût. (sk)

Auteurs : Edwin M. Stone, MD, PhD, Jeaneen L. Andorf, BA, S. Scott Whitmore, PhD, Adam P. DeLuca, PhD, Joseph C. Giacalone, BS, Luan M. Streb, BA, Terry A. Braun, PhD, Robert F. Mullins, PhD, Todd E. Scheetz, PhD, Val C. Sheffield, MD, PhD, Budd A. Tucker, PhD, Correspondance : Department of Ophthalmology and Visual Sciences, University of Iowa Carver College of Medicine, Iowa City, Iowa; Stephen A. Wynn Institute for Vision Research, the University of Iowa, Iowa City, Iowa. Electronic address: edwin-stone@uiowa.edu, Etude : Clinically Focused Molecular Investigation of 1000 Consecutive Families with Inherited Retinal Disease, Source : Ophthalmology. 2017 May 27. pii: S0161-6420(17)30460-8. doi: 10.1016/j.ophtha.2017.04.008. [Epub ahead of print], Web : http://www.aaojournal.org/article/S0161-6420(17)30460-8/fulltext